MobiDB - MobiDB

MobiDB
Мазмұны
Сипаттама	MobiDB ақуыздық бұзылулар және қозғалғыштық аннотациясының мәліметтер базасы
Мәліметтер түрлері; қолға түсті	Ақуыздың қозғалғыштығына және бұзылуына аннотация
Ағзалар	Барлық
Байланыс
Зерттеу орталығы	Биомедициналық ғылымдар бөлімі Падуа университеті
Зертхана	BioComputing UP
Бастапқы дәйексөз	PMID 29136219
Шығару күні	Желтоқсан 2017
Кіру
Мәліметтер форматы	JSON
Веб-сайт	mobidb.org
Веб-қызмет URL мекен-жайы	REST API ақпаратты қараңыз Мұнда
Әр түрлі
Лицензия	CC BY 4.0
Нұсқа	3.0.0
Курация саясаты	Ия - қолмен және автоматты түрде

Молекулалық биологияда, MobiDB^[1]^[2]^[3] куратор болып табылады биологиялық мәліметтер базасы меншікті ақуыздың бұзылуының аннотациясының орталықтандырылған ресурсын ұсынуға арналған. Ақуыздың бұзылуы - бұл белгілі мүшелері бар белоктардың көп мөлшерін сипаттайтын құрылымдық ерекшелік ішкі құрылымсыз (немесе ретсіз) ақуыздар. Деректер қорында үш деңгейлі аннотация бар: қолмен өңделген, жанама және болжамды. Ақуыздың бұзылуының әртүрлі дерек көздерін консенсус аннотациясына біріктіру арқылы MobiDB белгілі бір қызығушылық тудыратын ақуыздың «тәртіпсіздік ландшафты» туралы ең жақсы көріністі беруге бағытталған.

MobiDB дерек көздері

Жасалған мәліметтер және қосымша аннотация

MobiDB бойынша анықталған мәліметтер мына жерден алынды DisProt^[4] әдебиеттерден қолмен алынған ақпарат пен тәртіпсіздік аннотациясын беретін мәліметтер базасы. MobiDB бұзылу аннотациясын толықтыру үшін сыртқы көздерден қосымша аннотациялар ұсынады:

UniProt: UniProt мәліметтер қорынан алынған аннотацияларға организм, жасуша аралық орналасуы, тіндердің ерекшелігі, қызметі, сәйкес учаскелер, тиісті аймақтар, аудармадан кейінгі модификация және сызықтық мотивтер жатады.
Pfam: ақуыздың домендік аннотациясы графикалық түрде көрсетіледі және сілтеме арқылы қосылады, бұл пайдаланушыға қосымша ақпарат алу үшін сәйкес Pfam парағына кіруге мүмкіндік береді.
PDB: Қосымша құрылым PDB-дан кез келген уақытта алынады және графикалық түрде және 3D түрінде көрсетіледі.
STRING: «Деректер базасында» және «эксперименталды» дәлелдермен белгілі интеракторлар сұрыпталатын кестеде көрсетілген.

Жанама көздер

ПДБ рентгенографиясы: Ақуыздың құрылымын шешу және шешу үшін кристаллографиялық эксперимент жасағанда, кейбір қалдықтардың орнын дәл анықтай алмайтын жағдайлар болады. Мұның ықтимал себептерінің бірі - қалдық икемді / тәртіпсіз аймақтың бөлігі. Осы себепті ПДБ эксперименттеріндегі жетіспейтін қалдықтар ішкі бұзылыстың көрсеткіші болып саналады.
PDM NMR: Ақуыздың құрылымын ажыратуға арналған NMR эксперименттерінің жинақталған файлдарында көбінесе бір ақуыздың әртүрлі конформацияларын ұсынатын бірнеше модельдер бар. Әр модель қалдықтарының позицияларының арасындағы айырмашылықтарды есептеу арқылы осы позициялардың өзгеру дәрежесін өлшеуге болады. Бұл өзгерісті ақуыздың қаншалықты икемді немесе ретсіз екендігінің өлшемі ретінде түсіндіруге болады. The MOBI веб-сервер (осы мәліметтер базасының атауы алынған) а есептеулерді автоматты түрде енгізеді PDB форматталған файл.

Болжамдар

Олардың алуан түрлілігі ішкі ақуыздың бұзылуын болжаушылар соңғы онжылдықта оқытылды. Олардың негізгі бөлігі бұрын сипатталған аннотация сипатына еліктеуге дайындалған. Қазіргі уақытта MobiDB UniProt дәйектіліктерінің барлық жиынтығын қамтитындықтан, енгізілген болжаушылар өте жылдам болуы керек. Қазіргі уақытта он болжамшы кіреді (ESpritz оның үш дәмі, IUPred екі дәмде, АЖЫРАУ оның екі хош иісінде, GlobPlot, VSL2b және ДжРОНН ) MobiDB-ге әр ақуызға, тіпті ешқандай курацияланған немесе жанама деректер болмаса да, бұзушылық аннотациясын ұсынуға мүмкіндік беру.

MobiDB консенсусы

Берілген ақуызға мүмкіндігінше жақсы аннотация беру үшін MobiDB өзінің барлық дерек көздерін консенсус аннотациясына біріктіреді. Бұл аннотация дереккөздердің өздеріне жататындардан өзгешелігі, онда «құрылымдалған» және «тәртіпсіз» дегеннен басқа үшінші күйді көрсетеді: екі беделді дерек көздері келіспеген кезде, ол аймақты «екіұшты» етіп көрсетеді. Ағымдағы қол жетімді аннотациялармен, бұл қақтығыс қолмен өңделген дерек көзі белгілі бір аймақты ретсіз деп түсіндірген кезде пайда болады, бірақ сол аймақ үшін PDB құрылымы бар.

Веб-сайт

MobiDB веб-сайты пайдаланушыларға UniProt ID, ақуыз атауы немесе ақысыз мәтін бойынша іздеуге арналған интерфейсті ұсынады. Жіберілгеннен кейін, пайдаланушыларға ақуыздардың тізімі ұсынылады, олардың әрқайсысы әртүрлі ақпарат көздерінен интеграцияланған ақпараттармен түсіндірілген, консенсус бұзылуын болжау.

MobiDB веб-сервері кейбірін ашады RESTful MobiDB-ге бағдарламалық қол жеткізуге және әр түрлі типтегі деректерді алуға мүмкіндік беретін соңғы нүктелер. Қол жетімді GET маршруттары UniProt, STRING, Pfam және бұзылу туралы мәліметтерге қол жеткізуді қамтамасыз етеді JSON формат.

Сыртқы сілтемелер

Әдебиеттер тізімі

^ Ди Доменико, Томас; Уолш, Ян; Мартин, Альберто Дж. М .; Tosatto, Silvio C. E. (2012-08-01). «MobiDB: ішкі ақуыз бұзылыстарының аннотациясының толық дерекқоры». Биоинформатика. 28 (15): 2080–2081. дои:10.1093 / биоинформатика / bts327. ISSN 1367-4811. PMID 22661649.
^ Потенца, Эмилио; Ди Доменико, Томас; Уолш, Ян; Tosatto, Silvio C. E. (2015-01-01). «MobiDB 2.0: ішкі тәртіпсіз және қозғалмалы ақуыздардың жетілдірілген дерекқоры». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 43 (Деректер базасы мәселесі): D315–320. дои:10.1093 / nar / gku982. ISSN 1362-4962. PMC 4384034. PMID 25361972.
^ Пиовесан, Дамиано; Табаро, Франческо; Паладин, Лисанна; Неччи, Марко; Микетик, Иван; Камиллони, Карло; Дэйви, Норман; Достании, Жусанна; Мессарос, Балинта (2018-01-04). «MobiDB 3.0: ішкі бұзылуларға, конформациялық әртүрлілікке және белоктардағы өзара әрекеттесуге арналған қосымша аннотациялар». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 46 (D1): D471 – D476. дои:10.1093 / nar / gkx1071. PMC 5753340. PMID 29136219.
^ Пиовесан, Дамиано; Табаро, Франческо; Мичетич, Иван; Неччи, Марко; Куаглия, Федерика; Олдфилд, Кристофер Дж .; Астромонте, Мария Кристина; Дэви, Норман Э .; Давидович, Радослав (2016-12-13). «DisProt 7.0: тәртіпсіз ақуыздар базасының негізгі жаңартуы». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 45: D1123 – D1124. дои:10.1093 / nar / gkw1279. ISSN 1362-4962. PMC 5210598. PMID 27965415.

[1] Ди Доменико, Томас; Уолш, Ян; Мартин, Альберто Дж. М .; Tosatto, Silvio C. E. (2012-08-01). «MobiDB: ішкі ақуыз бұзылыстарының аннотациясының толық дерекқоры». Биоинформатика. 28 (15): 2080–2081. дои:10.1093 / биоинформатика / bts327. ISSN 1367-4811. PMID 22661649.

[2] Потенца, Эмилио; Ди Доменико, Томас; Уолш, Ян; Tosatto, Silvio C. E. (2015-01-01). «MobiDB 2.0: ішкі тәртіпсіз және қозғалмалы ақуыздардың жетілдірілген дерекқоры». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 43 (Деректер базасы мәселесі): D315–320. дои:10.1093 / nar / gku982. ISSN 1362-4962. PMC 4384034. PMID 25361972.

[3] Пиовесан, Дамиано; Табаро, Франческо; Паладин, Лисанна; Неччи, Марко; Микетик, Иван; Камиллони, Карло; Дэйви, Норман; Достании, Жусанна; Мессарос, Балинта (2018-01-04). «MobiDB 3.0: ішкі бұзылуларға, конформациялық әртүрлілікке және белоктардағы өзара әрекеттесуге арналған қосымша аннотациялар». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 46 (D1): D471 – D476. дои:10.1093 / nar / gkx1071. PMC 5753340. PMID 29136219.

[4] Пиовесан, Дамиано; Табаро, Франческо; Мичетич, Иван; Неччи, Марко; Куаглия, Федерика; Олдфилд, Кристофер Дж .; Астромонте, Мария Кристина; Дэви, Норман Э .; Давидович, Радослав (2016-12-13). «DisProt 7.0: тәртіпсіз ақуыздар базасының негізгі жаңартуы». Нуклеин қышқылдарын зерттеу. 45: D1123 – D1124. дои:10.1093 / nar / gkw1279. ISSN 1362-4962. PMC 5210598. PMID 27965415.

[1]

[2]

[3]

[4]