TMEM260 - TMEM260
| TMEM260 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторлар | |||||||||||||||||||||||||
| Бүркеншік аттар | TMEM260, C14orf101, трансмембраналық ақуыз 260, SHDRA | ||||||||||||||||||||||||
| Сыртқы жеке куәліктер | OMIM: 617449 MGI: 2443219 HomoloGene: 49506 Ген-карталар: TMEM260 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ортологтар | |||||||||||||||||||||||||
| Түрлер | Адам | Тышқан | |||||||||||||||||||||||
| Энтрез | |||||||||||||||||||||||||
| Ансамбль | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (ақуыз) | |||||||||||||||||||||||||
| Орналасқан жері (UCSC) | Хр 14: 56.49 - 56.65 Мб | Хр 14: 48.45 - 48.52 Мб | |||||||||||||||||||||||
| PubMed іздеу | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Уикидеректер | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
TMEM260 Бұл ақуыз адамдарда кодталған TMEM260 ген. TMEM260 функциясы әлі нақты түсініксіз.[5] TMEM260 UPF0679, c14orf101 және FLJ0392 деп те аталады.[6]
Джин
Орналасқан жері
TMEM260 22.3 жолағында адамның кішкентай қолында орналасқан 14-хромосома. Геномдық дәйектілік 56,955,072 а.к.-ден басталып, 14-хромосомада 57,117,324 б.т. аяқталады.Геннің геномдық мөлшері 162,253 б.т. The мРНҚ TMEM260 өлшемі - 4 278 а.к. және 15-тен тұрады экзондар.[6]
Гендер маңы
TMEM260 маңында тағы төрт ген бар. TMEM260 ағынында екі ген жатыр, соның ішінде LINC00520, бұл ақуыздық емес ұзақ интергенді кодтайтын РНҚ генінің 520 гені және PELI2 бұл pellino E3 ubiquitin протеин лигаза отбасының мүшесі 2 ген. Төменде бір псевдоген жатыр, RPL36AP1 және ген OTX2, бұл ортодентикалық гомеобокс 2 гені болып табылады.[7]
Сақталған домендер
TMEM260 құрамында DUF2723 бір сақталған домені бар. DUF2723 домені бактерияларда сақталған және оның қызметі белгісіз.
Гомология
TMEM260 көптеген түрлерде сақталады. Ортологтар бәрінен табуға болады Эукариоттар, Виридипланта, Саңырауқұлақтар, Қарсыластар, Бактериялар және Эубактериялар. Ешқандай паралогтар әлі табылған жоқ.[8]
Isoforms
Екі белгілі изоформалар TMEM260 үшін, ол баламалы біріктіру арқылы шығарылады. Олардың унипрот Идентификаторлар Q9NX78-1 және Q9NX78-2 болып табылады. Isoform 1 барлық 707-ден тұрады аминқышқылдары 15 экзоннан тұратын бүкіл белоктар тізбегінде. Isoform 2 286 амин қышқылына 3 ’ұшы кесіліп, тізбектегі алғашқы 7 экзоннан тұратындай етіп қосылады. Оның салмағы бар болғаны 30 707 Да.[6]
Ақуыз
Жалпы қасиеттері
TMEM260 ақуызы болжамды молекулалық салмағы 79 536 Да болатын 707 амин қышқылынан тұрады. Ақуыздың изоэлектрлік нүктесі 8,4 құрайды. TMEM260 - бұл 8 спираль тәрізді трансмембраналық домендерді қамтитын көп қабатты мембраналық ақуыз.[5][6]
Сақтау
TMEM260 аминқышқылдарының реттілігі жоғары деңгейде сақталған сүтқоректілер, шамамен 86% -дан 100% -ке дейін ұқсастық. Құстар, бақалар, және кесірткелер адамның TMEM260 тізбегіне ұқсастықтың жоғары деңгейі 76% мен 83% аралығында. Балық 56% -дан 66% -ке дейінгі ұқсастыққа ие. Балдырлар шамамен 52% дәйектілік ұқсастыққа ие, ал диатомдарда тек 39% бар. Сүтқоректілерде дәйектіліктің өте жоғары дәрежесі болса да, басқа жануарларда дәйектіліктің ұқсастық деңгейі едәуір жоғары, ал балдырлар сияқты басқа түрлерде, диатомдар, ал бактерияларда саңылаулар және 3 ’кесінділер бар. Балдырлардан, диатомалардан және бактериялардан бұрын организмдерде жоғары деңгейде сақталған TMEM260 тізбегінің сегменті - DUF2723 сақталған домені.[9][10]
| Тұқым және түр атауы | Жалпы аты | Ақуызға қосылу саны[9] | Рет ұзындығы (аминқышқылдары)[9] | Адам ақуызының бірізділігі[9] | Адам ақуызына ұқсастық[9] |
|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Адамдар | NP_060269 | 707 | ||
| Пантроглодиттер | Шимпанзе | XP_522861 | 707 | 99% | 99% |
| Канис таныс | Ит | XP_003930546 | 707 | 91% | 95% |
| Loxodonta africana | Піл | XP_00340871 | 707 | 90% | 94% |
| Бұлшықет бұлшықеті | Тышқан | NP_76188 | 707 | 82% | 90% |
| Ornithorhynchus Anatinus | Платипус | XP_001520783 | 549 | 75% | 86% |
| Taeniopygia guttata | Зебр финч | XP_00200425 | 705 | 71% | 83% |
| Xenopus tropicalis | Бақа | XP _002933788 | 687 | 66% | 81% |
| Анолис каролиненсисі | Кесіртке | XP_003228513 | 730 | 65% | 76% |
| Данио рерио | Зебра балықтары | XP_688103 | 740 | 48% | 66% |
| Гильярдия тета | Алға | EKX49772 | 733 | 36% | 52% |
| Талассиосиралық псевдонана | Диатом | XP_972174.2 | 716 | 25% | 39% |
Аударма модификацияларын жіберіңіз
TMEM260 ақуызы трансляциялық модификациядан кейінгі бірнеше түрге ұшырайды. Оларға N-терминалы кіреді Ацетилдеу, N-гликозилдену, және Фосфорлану.[11]
Әдебиеттер тізімі
- ^ а б в GRCh38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSG00000070269 - Ансамбль, Мамыр 2017
- ^ а б в GRCm38: Ансамбльдің шығарылымы 89: ENSMUSG00000036339 - Ансамбль, Мамыр 2017
- ^ «Адамның PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
- ^ «Mouse PubMed анықтамасы:». Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы, АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы.
- ^ а б «NCBI-нуклеотид». Алынған 2013-04-25.
- ^ а б в г. «GeneCards». Архивтелген түпнұсқа 2014-02-03. Алынған 2013-04-25.
- ^ «TMEM260 трансмембраналық ақуыз 260 [Homo sapiens (адам)] - Ген - NCBI».
- ^ «BLAST-ортологтар». Алынған 2013-04-25.
- ^ а б в г. e «BLAST: Негізгі туралау іздеу құралы».
- ^ «SDSC Biology Workbench».
- ^ «ExPASy: SIB Биоинформатиканың ресурстық порталы - Санаттар».